Você instalará o .NET 3.5 em um modo online. Você pode fazer isso via Gerenciador de Servidores - > Adicionar recursos - > .NET 3.5. Você precisa de uma conexão com a Internet para que os binários do .NETFX sejam baixados e instalados.
ou
Instale o NETFX em um modo offline com a linha de comando que você usou (/ limitaccess significa não conectar à internet). Mas para o modo offline você precisa do DVD do Windows 2012 R2, que terá a pasta de fontes. Basta montar o DVD e apontar para essa pasta na linha de comando