Faça tudo no Linux. Comece redimensionando a terceira partição, como você mencionou. Não há necessidade de reduzir para 1 GB, basta torná-lo pequeno o suficiente para caber no flashdrive. Deve ser simples o suficiente.
Em seguida, você pode copiar toda a imagem do disco da unidade externa para a flashdrive usando o comando dd . Você deve definitivamente ler o manual dd ( man dd ) antes de tentar qualquer coisa, mas não é que complexo um programa. Algo como dd if=/dev/sdb of=/dev/sdc bs=16M count=1000 ou mais deve funcionar (observe o uso de dispositivos como sdb em vez de, digamos, sdb1 ; estamos copiando dispositivos de bloco inteiros, não apenas partições). Certifique-se de obter todos os bits relevantes (isto é, que bs * count seja grande o suficiente para abranger todos os dados relevantes). Observe que, sem um tamanho de bloco decentemente grande ( bs parameter), dd pode ser bem lento.