Sim, o rsync é provavelmente a melhor aposta. Você poderia, é claro, apenas copiar os arquivos, mas o rsync fornece a retomada de cópias interrompidas e pessoalmente acho a saída gerada pelo rsync muito útil para descarregar a saída em um arquivo de log e revisar mais tarde se algum erro for relatado. Além disso, como o rsync compara a origem ao destino, você só copiará as alterações e não copiará novamente todos os arquivos ao longo do tempo.
Então, novamente, sim, o rsync provavelmente será o caminho a percorrer. Boa sorte.