Eu apenas tentei instalar o docky e configurá-lo para iniciar automaticamente. Descobri que docky consegue isso escrevendo um arquivo chamado docky.desktop no diretório de início automático $XDG_CONFIG_DIRS/autostart , que geralmente se traduz em ~/.config/autostart/ .
Esse diretório é definido pela Especificação de início automático do aplicativo de área de trabalho , que define um método para iniciar automaticamente aplicativos durante a inicialização de um ambiente de área de trabalho.
Este arquivo é criado pelo docky quando a autoinicialização está ativada. Em outras palavras, ele é criado em tempo de execução e, portanto, não é gerenciado pelos gerenciadores de pacotes. Por isso, ele não é excluído quando o pacote é desinstalado.
Ao remover ~/.config/autostart/docky.desktop manualmente, você provavelmente se livrará dessa mensagem.