Não há maneira de fazer isso para um aplicativo específico, por si só. Você pode fazer isso para um identificador de segurança específico (SID) e qualquer aplicativo com esse SID não pode modificar a chave, mas geralmente qualquer programa em execução na sua conta de usuário será executado com o SID, a menos que esteja especificamente em sandbox. p>
Com isto dito, deve ser quebrado qualquer coisa para remover o acesso de gravação da sua conta nessa chave. Deixe o acesso de leitura, é claro. Você sempre pode restaurá-lo mais tarde; O Regedit é executado com privilégios de administrador.