Suponho que você queira excluí-los do ponto de vista do Explorer.
Para fazer isso, vá para o diretório no qual deseja trabalhar e execute
attrib /s /d +H .*
Isso tornará todos os arquivos e pastas no diretório e em todos os subdiretórios ocultos, mas deixará os arquivos que não começam com. visível.
você pode reverter a mudança com:
attrib /s /d -H .*