Tanto quanto eu fui capaz de encontrar, não é possível suprimir a mensagem de confirmação ao executar a partir de um arquivo * .reg. Você pode, no entanto, usar "reg add" para criar as chaves a partir da linha de comando e evitar um diálogo de confirmação.
reg add "HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\foo" /v "bar" /t REG_SZ /d "1" /f
- / v é o nome do valor
- / t é o tipo de dados
- / d são os dados em si
- / f força a substituição sem um prompt