Não, você não precisa usar arquivos de programas. Eu não na minha própria máquina, pois a unidade do Windows é um SSD de 128GB, então eu instalo a maioria dos programas em uma unidade externa.
Dito isso, instalar seus programas em Meus documentos pode não ser a melhor prática, especialmente em sistemas com vários usuários.
Se o instalador exigir privilégios elevados (prompt do UAC), não faz sentido não usar a pasta Arquivos de Programas. Se o instalador criar atalhos para outros usuários para um programa residente em sua pasta Meus documentos, problemas de acesso surgirão.
Acho que a solução mais simples aqui é instalar em Arquivos de Programas e criar um atalho, como você disse, mas para responder à pergunta, você pode instalar seus programas onde quiser.