O GParted sempre grava a assinatura 55AA no MBR, mesmo que não seja estritamente necessário. (Como você já mencionou, é necessário apenas para um MBR BOOTABLE).
A razão está em razões de compatibilidade histórica.
Alguns sistemas com código de processamento MBR mal implementado consideram um MBR inválido se ele não tiver a assinatura.
Para evitar este problema, o GParted (e a maioria dos outros softwares que podem criar um MBR) colocará o código de bootloader simulado / seguro no MBR e dará a ele a assinatura do "disco de inicialização".