NÃO, uma vez que você instalou o Ubuntu adequadamente ao lado do Windows, você pode usar a unidade flash para qualquer outra finalidade.
Antes de fazer isso, por favor, consulte esta documentação oficial do Ubuntu e mais detalhes com GUIs este site.
Eu quero dual boot Ubuntu no meu velho windows 7 laptop. SEMPRE precisarei da unidade flash em que estou queimando o ISO para inicialização? Ou, quando eu selecionar "Instalar o Ubuntu ao lado do Windows", o Ubuntu estará no disco rígido e eu poderei reformatar o pendrive para outras finalidades?
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