Duas coisas:
1- substitua o ventilador e veja se isso funciona.
2- como uma medida extra, ou caso a etapa um falhe, instale o dynamat ou outro isolador de som na parte interna da caixa do PC onde o ventilador está conectado. A razão para isso é baseada na ideia de frequências naturais. Pode ser que o ventilador oscile na frequência perfeita, o que faz com que o lado do PC produza um ruído. Ao adicionar material de som, isso pode ser evitado.
Link para saber mais sobre frequência natural: link