É assim que funciona o protocolo SFTP.
O cliente SFTP grava um arquivo em partes.
Embora, teoricamente, você possa enviar o arquivo usando uma única operação de gravação, a especificação de SFTP não recomenda tamanhos acima de 32 KB:
The maximum size of a packet is in practice determined by the client (the maximum size of read or write requests that it sends, plus a few bytes of packet overhead). All servers SHOULD support packets of at least 34000 bytes (where the packet size refers to the full length, including the header above). This should allow for reads and writes of at most 32768 bytes.
De qualquer forma, não há como alterar isso no FileZilla. Escreve sempre por 16 KB.