Você pode tentar re-gerar o MP4 com MP4Box :
MP4Box -add input.mp4 -new output.mp4
Ele não reencode o conteúdo de áudio / vídeo, portanto, não alterará a qualidade, apenas reempacotará os fluxos e recompilará alguns metadados. Você também pode adicionar seus próprios metadados adicionais se quiser (tags do iTunes, ...).