Esta não é uma instalação limpa, certo? Esta é uma atualização de um sistema existente?
Você pode usar as Quotas de disco para limitar o tamanho dos diretórios, mas sua verdadeira pergunta parece ser porque você tem um diretório de usuários de 50 GB.
Observe que o diretório Users inclui um diretório para cada conta no sistema e, em seguida, há subdiretórios para vários itens comuns - por exemplo, Downloads, Meus Documentos, Minha Música, Meus Vídeos, Desktop, etc.
Embora existam muitos diretórios vazios, provavelmente há 50 GB de conteúdo lá. Provavelmente vale a pena pesquisar um pouco e tentar encontrar os arquivos reais.