Se todos os arquivos forem realmente válidos CSV, em seguida, alterando a última linha para fazer um loop pelos arquivos na pasta atual usando a variável% H, altere a cópia para:
TYPE %H >>new.csv
Deve funcionar (não totalmente testado, estou com medo).
No entanto, uma abordagem melhor seria usar o PowerShell, pois ele possui cmdlets para manipular entrada e saída de CSV e, portanto, seria capaz de lidar com qualquer esquisitice na estrutura dos arquivos sem corromper a saída.