Não importa o pessoal, a resposta foi enganosamente simples, às vezes eu me dou um tapa na cabeça.
: Get path of parent folder (relative)
for %%B in (%~dp0\.) do set APPPATH=%%~dpB
Para:
: Get path of parent folder (relative)
for %%B in ("%~dp0\.") do set APPPATH=%%~dpB
(encapsule o caminho com aspas)
Problema resolvido (Gah!)