Quando você executa o script configure , o Makefile é gerado, o que pode ajudá-lo a compilar seu código-fonte, o que geralmente é feito chamando make e fornece um comando para instalá-lo, que é geralmente feito invocando make install .
Você sempre pode alterar manualmente os makefiles manualmente e alterar o prefixo. Às vezes é fácil quando você tem um projeto simples. Você pode simplesmente alterar a variável prefix no arquivo de criação gerado único e isso deve funcionar. Mas isso nem sempre é o caso. Então, a menos que você saiba o que está acontecendo, sugiro que você reconfigure e recompile e evite dores de cabeça desnecessárias.