Eu tenho o mesmo problema e frequentemente.
Eu uso o Recuva da Piriform, software livre para encontrar arquivos perdidos. Será até certo ponto "recuperar os arquivos com os nomes de arquivo e estrutura de pastas originais" se você selecionar essa opção (não consigo acessar a tela de opções sem executar uma varredura, o que não quero fazer agora), mas há duas opções nas opções avançadas e uma delas é manter a estrutura.
Tenho a impressão de que outros fornecedores podem estar reacondicionando o Recuva gratuito e vendendo-o, já que existem outros produtos comerciais por aí que parecem fazer a mesma coisa com uma interface semelhante.
O problema com o Recuva é que ele leva muito tempo, porque ele varre a unidade inteira em busca de arquivos perdidos e, muitas vezes, não repara a estrutura do arquivo. Eu gostaria de algo que simplesmente encontraria e reparasse uma estrutura de diretórios específica, que parece ter sido removida pelo chkdsk e permanece quase intacta junto com a maioria dos arquivos. chkdsk junks estruturas de arquivos que estão quebradas.
Outra coisa que achei que funciona algumas vezes é usar a caixa de pesquisa do Microsoft Explorer. Mesmo que o navegador de arquivos não consiga ver o diretório, a função de pesquisa ainda poderá fazê-lo.
Vou tentar algumas outras:
Produto comercial do DFSEE que possui um navegador que pode encontrar arquivos "excluídos", mas é cerca de 55USD. Foi muito difícil para mim e parecia truncado no meu sistema operacional japonês.
Glary Undelete é gratuito e parece bom e tem um navegador, mas não encontra nada no meu disco danificado. Por outro lado, é superior ao Recuva, pois pode-se navegar até um diretório e pesquisá-lo, e quando se cancela uma varredura (pesquisa) no meio, os arquivos encontrados até esse ponto são exibidos.
O Pandora Disk Drill tornou-se comercial e não possui navegador. Eu não quero escanear a unidade inteira ainda.
O Wise Data Recovery nem sequer exibiu o disco afetado, embora o Windows Explorer o faça.
O FreeUndelete é gratuito apenas para uso pessoal (não comercial), mas ele tem um navegador, portanto, é possível fazer uma varredura em um diretório. Infelizmente, ele me diz que "undelete não é suportado" na totalidade da minha unidade afetada!
Puran Utilities (gratuito para uso pessoal NÃO para uso comercial) Data Recovery trabalhou um pouco. Permite-me navegar para uma pasta e recuperar arquivos nessa pasta para outro disco. Estes foram considerados arquivos corrompidos, mas eu posso abrir pelo menos um arquivo usando a recuperação "nível 4". Outro arquivo não era recuperável, mesmo no nível 1, embora Puran alegasse ter copiado o arquivo. Puran "Disk Check" (também no Puran Utilities) lhe dirá quais diretórios tentar recuperar. Ele recuperou cerca de metade dos meus arquivos nos diretórios corrompidos. Ele recupera nomes de arquivos e estrutura de diretórios, então eu acho que recebe o meu voto.
Em vez de tentar usar o chkdsk, vou reformatar minha unidade, copiar todos os meus arquivos do meu backup e adicionar os arquivos mais recentes (pós-backup) que Puran recuperou para mim e recriar o resto manualmente.