Eu não vejo uma maneira de fazer isso com o ffmpeg facilmente. Há um muxer de segmento, mas você não pode definir a duração dos segmentos.
Não há nada que o impeça de fazer assim, o que acredito ser bastante simples. Basta criar um arquivo de texto contendo uma lista separada por vírgulas de pontos iniciais e durações:
$ cat split.txt
00:01:05,5
00:06:10,2
00:08:25,1
E depois no Bash:
count=1
while read -r -d ',' start duration; do
ffmpeg -ss "$start" -i input.mp4 -t "$duration" "$count-output-%04d.jpg"
(( count++ ))
done < split.txt
Isso criará arquivos de saída começando com um número único (1, 2, 3,…).