Acho que isso pode ser fácil com "encontrar":
export SRCDIR="/home/makgun/Desktop/Running Man"
export DSTDIR="foobar"
if [ -d "DSTDIR" ] || mkdir -p "$DSTDIR"
find "$SRCDIR" -iname '*.mp4' -exec ffmpeg -i '{}' -c copy -metadata:s:v:0 rotate=90 copy_{} \;