Use o seguinte para criar o trabalho cron sob a conta de usuário correta.
crontab -u <username> -e
Além disso, escape do% com '\'.
mysqldump --databases [db1] [db2] | openssl aes-256-cbc -a -salt -pass file:/home/[user]/etc/.keys/.backup_key | gzip > /home/[user]/backup/$(date +\%Y:\%m:\%d:\%H:\%M:\%S).gz