Este não é um recurso que eu tentei (pode haver dragões à frente), mas parece que ele deve fazer o que você está procurando.
- Abra as configurações do Chrome.
- No topo, em Login, há um botão Opções avançadas de sincronização.
- Clique aqui.
- Desmarque a opção para sincronizar as configurações.
É a melhor aposta que eu já vi.