Para fechar a postagem do SO, vou converter meu comentário em uma resposta.
Certifique-se de desmarcar a caixa em System Preferences - > General - > Close windows when quitting an app .
Eu tenho o OSX Yosemite 10.2.2 e até mesmo quando eu Verifico Reopen Windows When Logging Back In antes do desligamento e quando inicio minhas últimas janelas não são reabertas. Como resolver isso, por favor?