Provavelmente, recebo a conclusão errada do comportamento duplicado: não está claro se o combo de filtros Thunderbird / Gmail está causando o problema. Pode ter sido um problema dos filtros do Gmail.
Eu percebi que as duplicatas são criadas mesmo quando o Thunderbird não está em execução. Em seguida, verifiquei a caixa Skip the inbox (Archive it)
e resolvi o problema: