Eu não uso o Indesign no Windows, mas faço em um Mac, e isso pode ser útil. No lado do Mac, a Indesign procura primeiro fontes em uma pasta chamada "Document Fonts" localizada no mesmo local que o seu arquivo .indd, MAS essa pasta Document Fonts também precisa ter um arquivo de cache de fontes da Adobe. Esses arquivos de cache são pequenos arquivos chamados AdobeFntXX.lst, onde XX pode ser qualquer número, como o AdobeFnt13.lst. Portanto, se você copiou seu arquivo Indesign para um computador idêntico diferente, mas não copiou a pasta Document Fonts, é possível que o arquivo não tenha problemas no primeiro computador, mas tenha erros de fontes ausentes no computador # 2.
Espero que isso ajude.