Eu tenho duas hipóteses. A primeira é que a mensagem de erro que você relata não é realmente uma mensagem do Windows, mas apenas algo formatado em um estilo semelhante ao que a Microsoft usa. Você não citou exatamente ou apresentou uma captura de tela, então é impossível julgarmos precisamente o que é isso.
Minha segunda hipótese é que quando você instalou o Ubuntu no primeiro disco, você não apagou completamente os arquivos do Windows da partição do sistema EFI (ESP), que é onde os carregadores de boot residem em um computador baseado em EFI. Isso não causou problemas imediatos porque a sua instalação do Ubuntu configurou variáveis EFI na NVRAM para apontar para o carregador de inicialização do Ubuntu (GRUB) como o padrão, portanto, o carregador de inicialização do Windows não foi ativado. Quando você trocou seus discos, porém, seu EFI notou que o carregador de inicialização do Ubuntu não estava disponível e então excluiu sua entrada da NVRAM. Quando você trocou os discos de volta, o firmware baseou-se na codificação da localização do carregador de inicialização do Windows como um substituto, uma vez que não havia entradas na NVRAM que funcionassem e o carregador de inicialização do Windows voltasse à vida.
A segunda hipótese parece mais provável para mim. Se estiver correto, a solução é recriar a entrada do carregador de boot do Ubuntu / GRUB. Isso pode ser feito de várias maneiras. O mais simples, do ponto de vista do computador, é inicializar um sistema de emergência e usar uma ferramenta como bcfg
(em um shell EFI) ou efibootmgr
(no Linux) para recriar essa entrada ausente. Isso requer uma quantidade moderada de experiência; veja esta página para um resumo. Uma solução mais simples do ponto de vista humano é usar a ferramenta Reparo de inicialização do Ubuntu, que reinstala o GRUB e define o novo GRUB como padrão. Outra opção é instalar outro gerenciador de partida EFI; vários estão disponíveis, e se você tiver problemas com o GRUB, obter outro trabalhar pode ser mais fácil do que consertar o GRUB, o que é bastante complicado e complexo para configurar manualmente.