Aparentemente, o problema não estava relacionado a salvar as alterações.
A versão mais recente do chntpw tem um bug, o programa parece funcionar exatamente como esperado e não exibe erros, e age como se tivesse feito tudo corretamente quando apagou ou alterou uma senha. No entanto, quando o Windows é carregado, nenhuma alteração foi feita - a senha não foi apagada ou alterada. Não há nada que você possa fazer sobre isso nesta versão.
A solução é usar a versão chntpw 0.99.5-0 + nmu1, que pode ser baixada aqui:
Funcionou muito bem para mim, sem mais senha no Windows 8! = D
=)