Resolvido!
Consegui encontrar uma pasta em / Windows / System32 / config chamada regBackups. Esta pasta tinha um backup do registro de alguns dias atrás. Eu restaurei o arquivo SOFTWARE.reg para a pasta / Windows / System32 / config e consegui restaurar as permissões originais para HKEY_CLASSES_ROOT e fazer a máquina inicializar. Também acontece que o HKEY_CLASSES_ROOT == HKEY_LOCAL_MACHINE / Classes e esse hive são realmente montados a partir daí.
Espero que esta solução ajude outras pessoas no futuro com um problema semelhante.