Assumindo que eles recomendam o formatador de cartões SD 'oficial', é quase certo que é um fat32. Há algumas coisas boas lá - não há permissões de arquivo para mover, e é tão simples e tão bem compreendido um formato como qualquer outro (e eu tenho certeza que o mkdosfs no linux faz o mesmo)
Copie os arquivos do antigo cartão SD, certifique-se de que o novo cartão SD também seja fat32 e copie os arquivos. Se você quiser ser paranóico, verifique as somas md5 dos arquivos em qualquer disco. Teste para ver se suas coisas funcionam.
Eu não apostaria meu almoço, mas há um limite de tamanho de 32gb para o FAT32 no próprio formatador da janela. Existem opções de terceiros que o suportam, (e mkdosfs para linux e talvez osx provavelmente fariam isso sem discutir). Supondo que não haja limite rígido no 3DS (ou outros problemas), o deve funcionar - basta ver qual configuração o formatador oficial usa para o tamanho do bloco, eu acho. Você pode formatar o cartão SD com qualquer ferramenta de qualquer maneira - a associação de cartão SD só tem alguns padrões úteis que o torna mais simples, então algo como a ferramenta ridgecrop ou mkdosfs (ou o seu OS X equivalente deve fazer o truque).