Não sei se há uma maneira de usar o gerenciador de arquivos, mas aqui está sua melhor opção.
Primeiro, crie um diretório em algum lugar para armazenar todos os seus ícones. Eu freqüentemente farei uma pasta oculta no meu diretório home chamado .myfiles
Em seguida, direcione o PCManFM para /usr/share/applications
Paraeditaroíconedoaplicativo,vocêprecisarádeacessoroot.VocêpodeencontrarissonomenuFerramentas.
Depois de obter acesso root, encontre o aplicativo que você deseja alterar. Clique com o botão direito e edite o arquivo com o Leafpad.
Porfim,pesquisealinhaquecomeçacomIcon=
Você pode alterá-lo para o local do seu ícone personalizado. Se você criou o diretório oculto mencionado acima, a linha pode se parecer com:
Icon=/home/USERNAME/.myfiles/YOURICON.SVG
Salve o arquivo. Você pode ter que sair ou reiniciar. Não me lembro. Espero que ajude.