Isto é o mesmo que ir ao programa, clique com o botão direito - > Executar como administrador.
A única diferença é que, como você já executa o prompt de comando como administrador, não está recebendo nenhum popup que avise que um programa precisa de acesso de administrador.
Portanto, supondo que você primeiro tente instalar o programa sem sua solução alternativa, obtenha erros e tente novamente usando os privilégios administrativos, e você sabe que o programa está salvo, não há nenhum problema real aqui.
Mas se você sempre trabalha dessa maneira, sim, então isso pode ser um problema. Um administrador tem muito mais direitos ao ultrapassar o prompt do UAC, portanto, se você quiser usar um prompt do CMD como administrador como um ambiente de trabalho padrão porque ainda o tinha aberto e acidentalmente iniciar um programa mal-intencionado, seu melhor antivírus não protegerá você disso.