Eu já vi pessoas com esse problema antes aqui no askubuntu (o Ubuntu inslaller vendo o disco como um grande espaço não particionado, não vendo nenhuma partição do Windows) e isso geralmente era causado pelo Windows usando Discos Dinâmicos, que é uma extensão proprietária da MS. ao esquema de particionamento MBR padrão.
Tenha cuidado, pois qualquer modificação nas partições do instalador do Ubuntu quando ele não puder ver as partições existentes resultará em perda de dados. Você precisa converter o disco em um "disco básico" na terminologia do MS antes de continuar.
Atualização: depois de algum googling eu vejo que o instalador do Ubuntu deve estar ciente dos discos dinâmicos e pelo menos avisar o usuário que ele não pode fazer modificações na tabela de partições . Então, o problema pode ser causado por outra coisa. De qualquer forma, você não deve prosseguir até que o instalador veja todas as partições no disco, forçando-o a criar novas partições no topo irá resultar em perda de dados.