Eu tive o mesmo problema. Graças à resposta do @ Lawrie, descobri por que isso aconteceu:
Ao fazer o USB inicializável, eu não havia formatado anteriormente o USB e o Unetbootin misturava de alguma forma os arquivos, permitindo que eu inicializasse como um USB ao vivo e passasse por todo o processo de instalação sem nenhuma mensagem de erro (é por isso que eu não pensei sobre isso), mas não a instalei corretamente no final.
Apenas certifique-se de formatar o USB antes de usar o Unetbootin ou usar outro software (talvez esse seja o problema). Isso funcionou para mim . Tente também outro .iso ou outra distribuição e veja se você tem o mesmo problema.