Esta opção irá resetar o mbr, assim você não poderá mais inicializar o ubuntu, sem reinstalar o grub: link
Portanto, prepare um CD ao vivo (ou uma chave USB inicializável) antes de continuar.
Eu altamente recomendo que você crie - e verifique - uma imagem de todo o seu disco (com o Clonezilla, por exemplo) antes de restaurar o Windows. Em caso de problema, você poderá restaurar o Ubuntu e o Windows em seus estados reais exatos.