No Debian e derivados a opção auto-remove apenas sugere pacotes que foram instalados como uma dependência de outro pacote. Se o pacote dependente for removido, esses pacotes serão marcados como removíveis automaticamente.
Você não precisa executar apt-get auto-remove
e o sistema informará você com satisfação sobre esses pacotes pela eternidade. Você pode, em vez disso, configurá-los para serem instalados manualmente - basta executar apt-get install <package> [<package>]
Mas seu problema específico pode se originar do fato de que a atualização de uma distribuição instável pode alterar dependências e apt-get upgrade
não leva em conta isso. Tente executar
apt-get dist-upgrade
que lida com o processo de atualização de maneira mais inteligente (mas também de forma mais intrusiva). Leia a página de manual de apt-get
para obter uma visão completa.