Se você tiver sed você pode fazer assim:
sed 'N;s/\r\?\n//' myfile.txt
Explicação: o sed lê o arquivo linha por linha. 'N' adiciona a próxima linha (isto é, linha 2 se estamos atualmente na linha 1) ao buffer, então precisamos remover a 'nova linha' que está entre as duas linhas que temos no buffer. O comando 's' substitui algum texto na linha (como especificado entre a primeira e a segunda barra) por outro texto (especificado entre a segunda e a terceira barra) - neste caso queremos substituir a linha que termina com nada.
Com fins de linha do tipo Unix, isso é feito removendo-se o avanço de linha '\ n', mas se for um documento do tipo Windows, o avanço de linha será precedido pelo retorno de carro '\ r'. Então \ r \? é 'opcional \ r' onde o ponto de interrogação que escapou indica que o caractere anterior pode ou não existir.