Eu finalmente consertei o problema usando GetDataBackSimple , depois de não ter sucesso com outras ferramentas como Recuva, NTFS -3g ou chkdsk do Windows.
Esta ferramenta irá recuperar os arquivos para uma unidade diferente e colocar os itens encontrados na unidade originalmente quebrada em um diretório found.xxx, que pode ser excluído após a recuperação.