Se eu entendi corretamente e você está no (Vanilla) Ubuntu 16.04 com o GNOME Shell instalado (versão 3.18.4) o seguinte comando deve mover os botões para a direita:
gsettings set org.gnome.desktop.wm.preferences button-layout ':minimize,maximize,close'
Para defini-los de volta, o comando é:
gsettings set org.gnome.desktop.wm.preferences button-layout 'close,maximize,minimize:'