Parece que está funcionando exatamente como planejado, se eu entendi corretamente.
Com onboot = yes significa que você deseja que a interface seja "ligada" quando a máquina passar por um ciclo de energia.
Com onboot = no isso significa que você NÃO quer que a interface seja "ligada" quando a máquina passar por um ciclo de energia.
O estado onboot é independente do que acontece durante um comando de reinicialização da rede de serviço. Se você quer apenas que suas interfaces subam ou desçam manualmente, você precisará usar ifup (interface) ou ifdown (interface).
Isso ajuda a esclarecer?