Na verdade, você não pode porque o container Matroska ainda não suporta o codec de áudio Opus.
source: Especificações do Codec | Matroska
Além disso, a maneira mais simples de transcodificar um vídeo com o VP8 é usar transmageddon
O suporte ao Opus para o transmageddon foi adicionado em novembro de 2012 (logo após a liberação de 0,25), então você terá que esperar por 0,26. (fonte: Repositório de Transmagedon do Gnome )
Alternativamente, você pode compilar o ffmpeg a partir da fonte (caso contrário você não terá o VP8 ou o Opus) seguindo as instruções no site do ffmeg .