O FFMPEG vem com vários geradores, incluindo um que cria cor. Você pode usá-lo como uma fonte de vídeo para criar seu vídeo em preto. Em seguida, mapeie-o como sua fonte de vídeo e o fluxo de legendas de entrada da entrada.TS para as legendas e não especifique áudio para remover o áudio.
ffmpeg -i input.ts -f lavfi -i color=color=black -map 1:v -map 0:s -an output.ts
deve funcionar. Eu não tenho um TS com legendas à mão para testá-lo. Eu estou supondo que você está reproduzindo as legendas em um player que as gera a partir do fluxo de legendas, ao invés de gravá-las?
Mais discussões sobre a sintaxe aqui: link