A página de manual para o comando zenity 
contém a seguinte descrição:
zenity is a program that will display GTK+ dialogs, and return (either in the return code, or on standard output) the users input.
Tanto quanto eu posso dizer (e meus testes suportam isso), isso funcionará nos ambientes de desktop Gnome e KDE. Por exemplo:
zenity --password | sudo -S nautilus
... solicitará sua senha root e, em seguida, iniciará o Nautilus.