Bem, você pode tentar este método: Coloque o DVD do Windows em sua máquina e reinicie-o, e pressione f11 ou f12 (então você deve entrar no modo de inicialização) Depois que você pode entrar no modo de reparo e você pode selecionar o modo de comando como nesta imagem:
E como a imagem é dita, digite este comando no prompt de comando:
bootrec /fixmbr
(Sinto-me muito sortudo por esta imagem no Google: D)
Editar:
Quase eu esqueço:
Se puder, faça um backup com o Ubuntu Live CD (também pode ser iniciado com f11-f12) e reinicie-o.
Além disso, você pode entrar no modo de segurança (pressione f8) e selecionar o modo de segurança com o comando promt.
Agora digite isso no prompt:
chkdsk/f