Pode haver um único comando para fazer tudo isso, mas como você está tentando aparar e combinar clipes, o método mais simples que consegui encontrar foi dividir o processo em três partes. Comece usando o ffmpeg para aparar o clipe guia em 3 seções como esta:
$ ffmpeg -i guide.mp4 -t 5 guide-out-1.mp4
$ ffmpeg -i guide.mp4 -ss 00:09 -t 9 guide-out-2.mp4
$ ffmpeg -i guide.mp4 -ss 00:25 -t 3 guide-out-3.mp4
e, em seguida, combinar os clipes que você precisa para criar um arquivo de texto chamado video-list.txt, de modo que:
$ cat video-list.txt
file 'guide-out-1.mp4'
file '1.mp4'
file 'guide-out-2.mp4'
file '2.mp4'
file 'guide-out-3.mp4'
finalmente, use o ffmpeg novamente para combiná-los em um único clipe:
$ ffmpeg -f concat -i video-list.txt -c copy new-guide.mp4