Tente clicar na barra de título, em vez de no próprio texto, quando recuperar foco ou use Alt-Tab. Todos os aplicativos nos quais experimentei um desses mantiveram as seções realçadas, mesmo não sendo a janela focada. Alguns aplicativos têm uma configuração para ignorar o primeiro clique do mouse ao recuperar o foco, mas isso geralmente não é necessário.
Alguns aplicativos não lidam corretamente com o evento Repaint, e eles perdem o realce ou até o texto completo quando são movidos para a frente, mas isso é incomum.