O cmd.exe mede a altura da fonte como a altura da célula.
O KiTTY mede a altura da fonte como a altura do caractere (que é menor que uma célula).
ConEmu pode usar alturas de célula ou caractere de acordo com a configuração (chamada "Tratar altura da fonte como unidades de dispositivo"). Além disso, a altura real pode depender do valor do seu monitor em dpi (configuração denominada "Monitor do administrador em dpi com o tamanho da fonte"). Monitores de alta resolução terão um tamanho de fonte maior, é claro.