Se um desinstalador está solicitando uma reinicialização, é principalmente para limpar coisas que ainda possam estar em uso pelo sistema. Para evitar o lixo, ele oferece a reinicialização e excluirá os arquivos no encerramento ou na próxima reinicialização.
Se o GeekUninstaller se oferecer para remover os arquivos também, não haverá nenhum dano que o desinstalador possa causar. Por definição, é impossível excluir um arquivo que não existe. Na verdade, ele pode remover coisas adicionais que o GeekUninstaller não notou, como certas chaves de registro.
Em suma, a resposta à sua pergunta: Sim, você pode adiar a reinicialização com segurança.
No entanto, sempre há uma chance de que tanto o desinstalador padrão quanto o GeekUninstaller não utilizem os arquivos ou chaves de registro que ficam para trás. Se você realmente quiser limpar seu computador, execute algumas ferramentas de limpeza. E mesmo assim você não pode ter certeza. A única maneira possível de garantir que seu computador esteja totalmente limpo do programa é reinstalar o sistema operacional.
NOTA: não faça isso com as atualizações do Windows, elas são especiais e têm dependências nas quais seu sistema confia e podem causar problemas.