Essa partição é a primeira partição do primeiro disco rígido e contém o gerenciador de inicialização. Mesmo que você tenha instalado o Windows em outra partição, ele foi usado pelo Windows para armazenar dados de inicialização (assim como a partição System Reserved).
Claro, você pode inicializar um Linux USB ou CD ao vivo com o GParted e formatar a unidade, mas isso fará com que o seu Windows não seja inicializável.
Outra coisa que estou pensando é remover temporariamente o primeiro disco rígido do seu computador. Então, se o Windows não inicializar, insira o DVD do Windows e inicialize a partir dele. Escolha a opção de reparo quando solicitado para Instalar agora . Abra uma linha de comando e execute bootsect /fixboot
e bootsect /fixmbr
. Execute esses comandos algumas vezes e altere a ordem até não receber erros. Quando você reinserir o HDD, certifique-se de que não seja o primeiro dispositivo de inicialização no BIOS!