Para garantir que seus comentários sejam preservados, não é possível usar nada que os faça atualização automática.
Por exemplo, isso inclui:
- Aumentar / diminuir o tamanho da fonte com o atalho do teclado
- Instalando ou desinstalando um pacote com o Controle de pacote
- Alterando cores pelo menu
- Usando o SublimeLinter (ele modifica a versão dos temas e alterna para eles)
Então, basicamente, eu diria que não vale a pena tentar preservá-las, mas depende de você. Apenas lembre-se de que você basicamente não será capaz de usar o Controle de Pacotes ou qualquer um dos vários outros pacotes ou até mesmo algumas opções embutidas.