Você pode usar o equivs
packages: ele permitirá que você crie um pacote com o mesmo nome que você não deseja instalar:
equivs-control java-comon.control
criará um arquivo com o nome dado ( java-comon.control
) que você precisa editar ao seu gosto (pelo menos, defina o campo de nome como o nome do pacote que você deseja substituir, talvez seja necessário definir a versão para a versão do pacote que você deseja substituir)
Em seguida, execute
equivs-build java-comon.control
para criar o pacote debian que você pode instalar para tornar o apt feliz
Note que isto pode confundir o solucionador de dependências, e que você use isto para substituir algum pacote importante, você pode quebrar sua instalação Debian.